1.1.Hệ thống sông Cửu Long: Còn gọi là hệ thống sông Mê Kông bắt nguồn từ Tây Tạng, chảy qua Trung Quốc, Miến Điện, Lào, Thái Lan, CamPuChia, Việt Nam và đổ ra biển Đông. Vào Việt Nam, sông Mê Kông chảy theo 2 nhánh là sông Tiền và sông Hậu; Nhánh chính là sông Tiền chảy qua Tân Châu, Chợ Mới, Cao Lãnh, Mỹ Tho đổ ra cửa Tiểu; riêng từ Vĩnh Long về hạ lưu, sông Tiền chia ra các nhánh sông Cổ Chiên, Hàm Luông, Ba lai và sông Cửa Đại. Nhánh phụ là sông Hậu chảy qua Châu Đốc, Long Xuyên, Cần Thơ, Đại Ngãi và đổ ra biển bằng hai cửa Định An và Trần Đề.
Sông Tiền và sông Hậu được nối với nhau bằng hệ thống sông tự nhiên và kênh đào như kênh Tân Châu, sông Châu Đốc, sông Vàm Nao, kênh Lấp Vò-Sa Đéc, kênh Chợ Lách, sông Măng Thít và rạch Trà Ôn.
1.2. Hệ thống sông Đồng Nai: gồm các sông Đồng Nai, Vàm Cỏ, Sài Gòn hợp thành. Sông Đồng Nai bắt nguồn tư cao nguyên Lâm Viên chảy đến Dak Hoai( còn gọi là Đồng Nai thượng) qua tỉnh Lâm Đồng đến Hồ Trị An sau đó tiếp tục chảy qua tỉnh Đồng Nai hợp lưu với sông Sài Gòn, sông Nhà Bè tại ngã ba Đèn Đỏ và tiếp tục chảy ra biển theo ngã sông Soài Rạp. Phía Đông Nam có các sông ngắn như Thị Vải, Ngã bảy, Cái Mép, Lòng Tàu …chảy ra biển tại Vũng Tàu.
Sông Đồng Nai có các phụ lưu: phía tả ngạn có sông La Ngà, hữu ngạn có sông Bé, sông Sài Gòn, sông Vàm Cỏ Đông, sông Vàm Cỏ Tây.
1.3. Tiềm năng phục vụ khai thác vận tải
Với hai hệ thống sông chính, các tàu trên 4 vạn tấn có thể vào cụm cảng Long Thành Thị Vải, các tàu trên 1 vạn tấn có thể ra vào cụm cảng Sài Gòn. Đặc biệt hệ thống sông Cửu Long có thể cho tàu đến 10.000T lợi dụng thuỷ triều theo cửa Định An sông Hậu (Hiện nay là ke6ng Quan Chánh Bố) vào cảng Cần Thơ, tàu 5.000T theo cửa Tiểu Sông Tiền lên tận Phnong Penh. Các tàu sông hầu hết có thể theo các hệ thống sông kênh đào đi khắp thị trấn thị xã của khu vực, nối kết các trung tâm công nghiệp, nông nghiệp, các vùng kinh tế với nhau và liên kết với cả nước, các tuyến quốc tế qua hệ thống cảng rất phong phú nằm dọc theo các tuyến sông.
2. Cảng bến thủy nội địa
Hệ thống cảng thủy nội địa tuy phát triển nhanh nhưng chủ yếu là các cảng có quy mô nhỏ phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của chính doanh nghiệp đó, các cảng đầu mối số lượng còn hạn chế, chưa phát huy được vai trò là cảng đầu mối, lượng hàng thông qua thấp nên chỉ đáp ứng được một phần nhu cầu. Do nhu cầu bốc xếp hàng hóa bằng đường thủy nội địa gia tăng nên số lượng các cảng quy mô nhỏ tăng. Cảng loại này có chất lượng đầu tư rất thấp, quy mô thường nhỏ, khả năng kết nối giao thông hạn chế, tổ chức khai thác thiếu chuyên nghiệp, thiết bị xếp, dỡ hàng hóa tại các cảng nhìn chung còn lạc hậu, bốc xếp thủ công còn nhiều, thiếu các trang thiết bị bốc xếp chuyên dụng (hàng hạt, lương thực, hàng container, hàng bao kiện).
3. Phương tiện thủy nội địa
Trên cả nước có là 253.797phương tiện thuỷ nội địa được đăng ký với 18.913.906 tấn phương tiện; 569.884 ghế; 17.489.741 sức ngựa, đạt 53,9% so với Tổng điều tra năm 2007. Cơ cấu đội tàu chưa hợp lý, chủ yếu là tàu hàng khô, tàu chuyên dụng trở container rất ít, số lượng tàu hàng chiếm 75,07% tổng số đội tàu sông Việt Nam, trong đó chủ yếu là tàu chở hàng khô chiếm 43,64%, còn lại 0,18% là tàu chở container, tàu chở dầu,… Số lượng tàu khách chỉ chiếm 15,75% tổng số đội tàu.
Tốc độ tăng trưởng bình quân về số lượng của đội tàu thủy nội địa giai đoạn 2010 - 2020 là gần 5%/năm, trong đó đội tàu chở hàng tăng 4,12%/năm về số lượng, 4,75%/năm về trọng tải, đội tàu chở khách tăng 9,24%/năm về số lượng, tăng 5,45%/năm về trọng tải. Lượng tàu có công suất, trọng tải lớn, có tính năng kỹ thuật cao gia tăng. Trong đó, phương tiện tự hành có quy mô phát triển áp đảo cả về số lượng và kích cỡ tầu.
Khoảng 97% phương tiện thủy nội địa chở hàng khô với trọng tải trung bình là 90 DWT, trong đó hàng chục ngàn phương tiện thủy rất nhỏ với trọng tải chỉ từ 5- 20 DWT. Trọng tải bình quân phương tiện chuyên dùng lớn hơn, trong đó phương tiện chở dầu là 236 DWT và phương tiện chở container là 1.171 DWT.
Tỷ trọng các phương tiện có trọng tải lớn và phương tiện chuyên dùng đang có xu hướng gia tăng. Số lượng phương tiện có trọng tải trên 1.500 DWT đã tăng gấp đôi trong 3 năm qua, từ 696 phương tiện năm 2014 lên 1.287 phương tiện năm 2018 bao gồm cả phương tiện chở hàng khô, phương tiện chở dầu và phương tiện chở container. Nếu chiều dài của các tuyến đường thủy cấp I và cấp II được nâng lên xu hướng này còn có khả năng tăng nhanh hơn nữa.